(一) 成立教學發展與資源中心：負責統籌卓越教學相關業務 (二) 辦理延緩分流案： 已經校務會議通過96學年度執行之單位，包括(1) 理學院大一不分系 (2) 工學院電資與工程學士班大一不分系 (3) 管理學院大一、大二不分系 (三) 新增系所： 1. 96學年度社科院新增社會學研究所。 2. 97學年度社科院新增經濟學研究所博士班。 (四) 系所整合：1. 96學年度海科院海下所及海物所合併為海下科技暨應用海洋物理研究所。 2. 96學年度劇場藝術學系與藝術管理研究所合併。 3. 97學年度社科院中山所一部分與大陸所合併為中國與亞太區域研究所，一部分依教師意願至其他所，政經系分為三個組。 4. 98學年度海下科技暨應用海洋物理研究所與海事所整合為海洋科技及事務學系。 (五) 強化院長職掌：負責教育策略設計與資源應用最佳化 1. 規畫與管控課程開設。 2. 控管教職員額編制。 3. 管控教學、研究、圖書經費預算。 4. 主導教師評鑑事宜。