依據文學院95學年度第2次系所主管會議，確定教學目標：以「目標」、策略」、「執行」、「評估」、「診斷、修正」等五階段循環運作。概述本所之計畫內容如下：


本所自91年創所以來，宗旨乃促成區域性特色與世界潮流的接軌，而致力於人文學為基礎的科際整合。目標是讓學術的深造，不因專精，而罔顧了周遭；投身實務之際，亦能反省，不被盲從所惑。教學目標可分為以下兩點：

1) 客觀知識與生活經驗的結合
現今學術界的研究模式不外乎自然科學與美學二途。前者有其現代性的傳統，不是任何學術研究可輕易割捨的；後者則有其後現代的衝擊，亦非有前瞻性的研究機構可漠視的。依據台灣過去發展的經驗，由於文化的荒蕪，導致理性的失根，反而使理性變成非理性或反理性的外衣或藉口。

2) 現代社會之後現代問題
面對此現代社會之後現代情景——藝術感知的轉變、心理治療的興起與資訊文化的衝擊——本所將本著現象學方法之探究，期以還原出啟蒙理性的本來面貌。


達成此目標的策略則希望透過「學制設計」及「國內及國際學術合作與交流」達成。細部執行如下：

1) 學制設計包含招生制度、課程、學科考試及學位考試之規劃。
本所招生考試面試所佔分數比例相較於筆試一向偏高，此符合本所的發展重點：不僅開放哲學本科的另類思維，更歡迎其他學科一同加入哲學反思的園地。我們以為唯有多元的取向才能孕育出深厚的研究空間。然而此舉在一般體制角度下，往往被視為特異，而多次遭受要求更動。課程方面，學生共需修滿三十個學分。必修課程包含兩門：「哲學基本問題」及「現代與後現代」。選修課程的設計，依四大方向做規劃：形上學、知識論、美學及倫理學；對傳統科目的研究，我們改變以往哲學史或專家的一貫分類方式，而以當前哲學與其他科學的互動，進行溝通與整合。各學期所開設課程，詳見//phen.nsysu.edu.tw/IOP/course/classlist.php。另外，為考核學生之基礎能力，在學位考試之前，有設置「學科考試」之門檻，以「形上學」、「知識論」、「美學」與「倫理學」四個方向的哲學基本問題各一題為出題內容，採筆試進行。考試範圍：以報名考試當年之前三年授課內容為命題範圍。

2) 國內及國際學術合作與交流。
學術交流自立所以來已舉辦每月講座達四十多場。另外，在國內交流部分：本所創辦之初與國立政治大學哲學系、現象學中心、國立東華大學心蓮研究團隊、台北市立師範學院視覺藝術研究所、國立陽明大學護理系、淡江大學通識核心課程組、南華大學生死學研究所已具初步合作基礎，目前與高雄醫學大學、台南藝術學院正進行交流，進一步將與台灣各學術文化研究單位進行研究計畫的合作；在國際交流部分，2003及2004年分別「舉辦兩岸三地現象學學術會議」以及「哲學家作為臨床倫理學家」深度系列座談＆研讀會。


執行教學目標之評估如下幾點：

1. 中山哲學所教學目標之訂立清晰而獨到，不僅為了大學教育的理想做進一步地整體規劃，更在全球化之際，彰顯出區域性特色。
2. 在執行面上，各類大型學術交流活動之舉辦立意良善且內涵充實，然以該所之規模（全所師生至95年度僅達40人次左右，所屬資源亦不足）承接有負荷過重之虞。
3. 執行面之課程規劃，歷來所開設之選修課程多元不重複，且能依循科際整合初衷。但所屬專任教師僅有三名，選修課程之開設約有半數以上由兼任教師授課，教師明顯不足。
4. 該所基於科際整合之理想，招生以非本科生為訴求之一，但必修課程在三十學分的要求中僅佔六學分，此對於非本科生之哲學基礎能力奠定是否不足，仍待商榷。


綜合以上幾點評估，目前對於所能做出的診斷為該所之教學目標雖較台灣地區一般哲學系所特異，然其目標基於人文學為基礎的科際整合、生活經驗與客觀知識的結合，明顯為當前高度專業分工種種弊病之可行嘗試。此目標之執行與該所之發展密切相關，尤其明顯受限於教師員額不足等低劣外部條件。此現象亦展現台灣教育制度大環境的學術自主問題。