網站內容架構已完成，將隨各學期課程進度繼續隨時更新上傳教材內容（網址：//www2.nsysu.edu.tw/MR-proteomics）。功能性蛋白質體學已進行E化動作，以簡單的圖片連結設計取代複雜的框架，使得不論是新版本的Internet Explore 7.0 或是 6.0 版本均能輕鬆閱讀；即使沒有框架，本站採用的圖片地圖的方式使得網站架構仍可輕鬆連結任何頁面而不會有在任何頁面迷路的困擾，大大的提升了每個使用者的便利性。 首頁的部份除了介紹E化的緣由之外也提供最新的更新訊息，以便來訪的學生或是老師能夠快速的掌握本站動態，另外也有歷史訊息可供查找。　同時本站也有完善的建設日誌以及備份區，以防遭受攻擊或是重大損壞。 內容部分提供敎材分享、活動參訪、相關連結等，三個項目，並且隨著課程的進行更新至今內容已相當豐富，並且也有連結可以直達老師的信箱，可以與老師做最直接快速的聯繫。 教材分享的部份，本站與功能性蛋白質體學課程同步的更新目前已經有為數不少個pdf格式的教材可供學生線上閱覽，教材內容分別為: 蛋白質的分子生物學:詳述蛋白質組成及如何從基因的轉譯到轉錄的過程。 蛋白質的結構:學習如何利用網路資源取得蛋白質資訊，並展現其電腦虛擬三度空間結構。 蛋白質功能:以細胞生物學為中心闡述蛋白質參與生命現象運作的過程 蛋白質樣品製備及定量: 蛋白質萃取分離之主要技術， 在蛋白質定量的部份介紹最廣為使用的Bradford 法， Bradford 法是近年來廣被使用的商品化方式其利用蛋白質與染劑相鍵結的測定法，原理是運用染劑可依蛋白質濃度不同使所產生的顏色有程度上的變化。 二維電泳分離技術原理: 二維凝膠電泳較其他分離方法更能有效分離蛋白質，單一片凝膠具有能夠分離數千種蛋白質的能力，並能分析蛋白質之 pI 及 M.W.。第一維 IEF 根據電荷，第二維 SDS-PAGE 根據分子量來分離而得到二維 (X-Y 座標) 蛋白質樣點。而這些蛋白質樣點配合質譜儀分析，是目前主要鑑定蛋白質 身份的主要方法。 二維電泳分離實務: 經過一連串樣品的處理過程後本單元將進入蛋白質的分離程序二維蛋白質凝膠電泳，之前已經介紹過二維蛋白質凝膠電泳之原理，在本單元將直接介紹二維蛋白質凝膠電泳技較詳細的步驟，此外亦將展示所需使用的儀器設備 二維電泳的影像分析:本單元將介紹二維蛋白質凝膠的雷射共軛聚焦影像掃瞄技術，由於雷射共軛聚焦影像掃瞄技術的出現二維蛋白質凝膠的影像分析將由過去平面的色差比較進入3D立體的時代，透過近代數位影像技術的進步使我們可以透過電腦同時分析比較多片二維蛋白質凝膠上的數個相對定位點的差異，並且藉由色差運算定出相對定位點之間的色差，以為相對定量的依據。 蛋白質的膠內水解: 從二維凝膠挖取蛋白質樣點開始，詳述實驗流程及水解酵素的選用及其化學相關特性 蛋白質的身份鑑定:本課程將分多部分介紹質譜分析技術及設備，首先依游離源分別介紹APD、MALDI及ESI。之後將分別講述各類質譜儀及其原理(如:Q-TOF、TOF-TOF、TRAP......等) 後質譜資訊學:介紹以質譜輸出之電子化數據為例解說蛋白質鑑定之生物資訊。蛋白質體學已成為二十一世紀熱門的研究主題，伴隨著愈來愈多的基因排序被解碼，研究基因密碼和不同蛋白質間的關係，進而了解致病的原因及解析生命現象。此外由於應用於質譜偵測後的軟體及資料庫不斷地有突破性的發展，更有利於質譜學家及生化學家進行蛋白質體學的研究。 系統生物學:利用網路資料庫釐清蛋白質及蛋白質間的交互作用等資訊，加以整合，並運用這些資料去建立模型，以期能掌握所有生物基因與組織間的關係及運作。